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源头：DeepTech深科技

“该措施可能在基因组水平上监测卵白质以及差距 DNA 伤害之间相互熏染的复旦动态，有助于咱们清晰科克因综合症等疾病的团队发病机制，以及癌细胞对于顺铂等化疗药物的开拓抗药性机制，并为咱们处置这些瘦弱下场提供辅助 。卵白”复旦大学青年钻研员胡晋川展现。复旦

DNA 加合物伤害是团队 DNA 碱基被加之了比力大的修饰基团 ，概况爆发了链内交联从而组成 DNA 双螺旋的开拓扭曲，主要由紫内线、卵白香烟、复旦化疗药物（好比顺铂）、团队汽车尾气等这些外源因子诱惑发生 。开拓假如修复不妥 ，卵白就会组成突变或者细胞降生 ，复旦进而导致癌症等疾病的团队爆发。

低等哺乳植物中仅有能修复这种伤害的开拓道路是核苷酸切除了修复，其凭证伤害识别方式又可被分为全基因组修复以及转录偶联修复，其中前者的机制钻研患上较为清晰，而后者还存在良多未解之谜。钻研修复以及伤害应答机制的主要策略搜罗体外重构反映以及部份 UV 映射-荧赫然微镜技术，可是这两种策略都存在响应的规模性，因此急切需要一种可能锐敏地丈量卵白质与 DNA 伤害之间相互熏染的措施。

为了处置上述下场 ，近期，胡晋川以及钱茂祥课题组开拓了一种卵白质-相关 DNA 伤害测序（Protein-Associated DNA Damage Sequencing ，PADD-seq）的措施
 ，经由对于伤害的测序，实现为了在碱基分说率下对于全基因组卵白-DNA 伤害之间相互熏染的监测 。

复旦大学博士钻研生祝永昌  、谈远清以及硕士钻研生李琳为论文的配合第一作者
，青年钻研员胡晋川以及钱茂祥为论文的配合通讯作者 。

2012 至 2017 年
，胡晋川在美国北卡罗莱纳大学教堂山分校妨碍博士后钻研。他师从不断自动于钻研核苷酸切除了修复的阿齐兹·桑贾尔（Aziz Sancar）教授
，并在 2015 年见证了后者取患上诺贝尔化学奖。

图丨具备转录偶联修复的细胞中 Pol II-CPD 相互熏染的动态历程（源头 ：Nucleic Acids Research）

为了清晰染色质上种种因子以及使命对于伤害与修复的影响，他们建树了检测 DNA 加合物伤害与核苷酸切除了修复的测序措施 Damage-seq 以及 XR-seq，并散漫染色质免疫积淀等措施，检测 DNA 转录或者卵白质修饰对于伤害以及修复的影响 。

“在此根基上又发生了一个新下场，就黑白论是检测修复，仍是检测伤害 ，能患上到的都是一个最终形态 ，而咱们想知道的是卵白以及 DNA 伤害在基因组上相互熏染的历程。”胡晋川展现。

图丨胡晋川（源头：胡晋川）

因此，在他 2018 年归国后，就开始入手开拓相关技术 。历程中 ，他碰着了诸多灾题 ，其中一个关键下场是新的测序措施无奈运用现成的生物信息学工具来合成 ，需要开拓配套的新工具。

在生物信息合成以及大数据开掘等方面 ，钱茂祥已经有多年钻研履历，同时，在生物学方面，他聚焦儿童白血病并关注相关化疗药物对于 DNA 组成的伤害  。

图丨钱茂祥（源头：钱茂祥）

由于两人在这些方面具备一些相同的兴趣点以及互补的业余知识，因此一拍即合，并开始了临时相助 。

图丨A549 细胞中 H3K9ac 与顺铂加合物的关连（源头
 ：Nucleic Acids Research）

“我不断感应做钻研，不可防止地会波及到方方面面的挑战 ，而钻研者们个别只对于一两个钻研倾向比力长于。这时候
，假如能以相助的方式 ，在业余规模内找到一些配合的兴趣点 ，并短缺发挥相互之间的互补优势 ，对于既快又好地做出钻研来说，黑白常紧张的 。”谈赴任异课题组相助睁开钻研的体味，钱茂祥展现 ，“如今良多高品质的论文
，都是经由相助降生的 ，我很看好这种方式。”

同时 ，胡晋川也展现：“如今的科研已经朝着越来越广漠的倾向睁开。无意咱们并不知道睁开一项钻研时 ，会将咱们带至奈何样的睁开倾向。当咱们发现进入了一个新的钻研规模，或者需要一些新的工具时，可能经由自主学习去并吞，或者谋求业余相助 。但前者的功能每一每一比力低，也简略犯一些低级过错，因此在与相助者有配合兴趣点的根基上 ，经由相助实现业余本领互补的方式，颇为有利于解决迷信下场。”

由于 PADD-seq 措施可能直接用于钻研目的卵白以及伤害之间的相互熏染机制
，以是接下来他们也愿望顺着这个思绪不断妨碍钻研
。

“未来咱们可能会思考组合差距维度的措施去开拓新的工具，进而处置从前所不能处置的下场。”钱茂祥展现  。

参考质料 ：

1.Y., Zhu, Y., Tan, L.,Li.et al. Genome-wide mapping of protein–DNA damage interaction by PADD-seq. Nucleic Acids Research 51,6, e32（2023）. https://doi.org/10.1093/nar/gkad008

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